Add All Folders

Galaxy/galaxy/tools/radiuma/run_radiomics.py

@@ -0,0 +1,34 @@
+# run_radiomics.py
+
+import pysera
+import argparse
+import os
+
+parser = argparse.ArgumentParser()
+parser.add_argument("--image", required=True)
+parser.add_argument("--mask", required=True)
+parser.add_argument("--output", required=True)
+parser.add_argument("--categories", default="glcm, glrlm")
+parser.add_argument("--dimensions", default="1st, 2_5d, 3d")
+parser.add_argument("--apply_preprocessing", default="True")
+args = parser.parse_args()
+
+# اطمینان از وجود مسیر خروجی
+os.makedirs(args.output, exist_ok=True)
+
+# اجرای PySERA
+result = pysera.process_batch(
+    image_input=args.image,
+    mask_input=args.mask,
+    output_path=args.output,
+    categories=args.categories,
+    dimensions=args.dimensions,
+    apply_preprocessing=args.apply_preprocessing == "True"
+)
+
+# ذخیره خروجی ویژگی‌ها به CSV
+if result["success"]:
+    features = result["features_extracted"]
+    features.to_csv(os.path.join(args.output, "radiomics_features.csv"), index=False)
+else:
+    print("Error:", result.get("error", "Unknown error"))