soorena62
35 lines
1.0 KiB
Python
35 lines
1.0 KiB
Python
# run_radiomics.py
|
|
|
|
import pysera
|
|
import argparse
|
|
import os
|
|
|
|
parser = argparse.ArgumentParser()
|
|
parser.add_argument("--image", required=True)
|
|
parser.add_argument("--mask", required=True)
|
|
parser.add_argument("--output", required=True)
|
|
parser.add_argument("--categories", default="glcm, glrlm")
|
|
parser.add_argument("--dimensions", default="1st, 2_5d, 3d")
|
|
parser.add_argument("--apply_preprocessing", default="True")
|
|
args = parser.parse_args()
|
|
|
|
# اطمینان از وجود مسیر خروجی
|
|
os.makedirs(args.output, exist_ok=True)
|
|
|
|
# اجرای PySERA
|
|
result = pysera.process_batch(
|
|
image_input=args.image,
|
|
mask_input=args.mask,
|
|
output_path=args.output,
|
|
categories=args.categories,
|
|
dimensions=args.dimensions,
|
|
apply_preprocessing=args.apply_preprocessing == "True"
|
|
)
|
|
|
|
# ذخیره خروجی ویژگیها به CSV
|
|
if result["success"]:
|
|
features = result["features_extracted"]
|
|
features.to_csv(os.path.join(args.output, "radiomics_features.csv"), index=False)
|
|
else:
|
|
print("Error:", result.get("error", "Unknown error"))
|